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Niveau: Supérieur, Master
Polytech'Nice-Sophia Final Term Project Handling a 3D oceanographic simulation program Authors: Denis Brun Aymeric Loche Supervisor: Dr. Pierre Dreyfuss February 3, 2011

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PolytechNice-Sophia
Final Term Project
Handling a 3D oceanographic simulation program
Authors: DenisBrun AymericLoche
Supervisor: Dr. PierreDreyfuss
February 3, 2011
Contents
1 Code installation 1.1 Compilation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1.1.1 Compilers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1.1.2 NEMO Revisions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1.2 NEMO Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 Mathematical aspects 2.1 Presentation of the primitive equations . . . . . . . . . . . . . 2.2 GYRE configuration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2.2.1 Coordinates system definition . . . . . . . . . . . . . . 2.2.2 Mesh configuration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2.3 Boundary conditions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 Data visualisation 3.1 The NetCDF files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3.2 Visualisation sofwares . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3.2.1 Ncview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3.2.2 Ferret . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3.2.3 Paraview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 Appendix : NEMO full-setup 4.1 Installing the Intel Fortran compliler . . . . . . . . . . . . . . 4.2 The netCDF library : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4.3 NEMO installation and compilation . . . . . . . . . . . . . . 4.4 Run NEMO . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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