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Computational immunogenetics in allogeneic immunotherapy [Elektronische Ressource] / von David S. DeLuca

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Published 01 January 2008
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Language English
Document size 2 MB

MAComputationalssertationimmTURunoggebeeinesneticsnat.inDaallogeneicJuliimmdesunotherapDERyDr.VgenehmigteononderS.NaturwissenscamhaftlicinhenUSAFGradesakult?tDOKTORSderNAGottfriedWISSENSCHAFTENWilhelmrer.LeibnizUnivDievrM.Sc.sividtDeLuca?orent02.Hanno1980vPittseld,er,zur2008Erlangungf?rReferenagt:cProfProf..MediziDr.HannoScihepBlasczykerranfusionsmedizInstituthef?rhTerecPromotion:hnisct:heDr.ChemieInstitutGottfriedTWilhelminLeibnizniscUnivHoersit?thscHuleannvoTvderer30.07.2008KoreferenhscThisDr.wcoorkInstitutwerasiprocducedMediziniscinvtheiInstitutef?rwithTBlecofhniscTheHoChemieuleatiitheandGott-nfriedopWilhelmratLeibnizonUnivProf.ersit?tR.Hannoasvzykertheunderf?rtheransfusionsmedizin,directionheofcProf.hDr.HannoT.er.SchepamiliiiitogewidmetmyFfamilyemeinerBade-AMicrobialcknopartnerswyleeluteddingeBiologicalmentsundertakingIprotein/pamWsince,rvidedewlythegratefulitsforpartheortansuppexportonthataluable.IoramhainvaseManoreceivNetMHCedando,vStemNetertotheductioncourseBeisswofonmbyindoandctoraldeterminedtraining.ubleIvidedwasouldclikthiseIlantoideacepCleaknoMHwledgevtheRaghasupptort,ofhni-Prof.bSctheheptrum-erlikandonProf.fromHitzinmannOnfrombioinformatitheOnLeibnitzopUnivWersdiDr.?tedingHannoanvpartnerer.estigationFinromproHannoenveptideersMTheedicalissuesScyhoMendeol,eryIurtherwopouldtributedlikork.eoftoersitacprokassistancenohiswledgeethesystems.follodatabasewingandptlyeople.yAllaofBhasintheInstitutegoalsecacIndia.hievandedsuppinprothisS?rentiLundegaardmeterpAnalysis,erioDenmark.dwwtoereopthoseofcjechosenUnivbJenayducingmconceptyogymenytor,TheProf.theDwr.closeRainerwithBlasczyk,Joacandter,completedteunderuphisme.direction.ChristinaIDoamhasalsoeengratefulimpforttheforscvienofticeptideguidanceteractions,ofhasProf.videdHolgarerimA.tallyElsnerpandsequencesPfrom.D.olDr.HLA.PassistanceetermathematicalA.proHorn.bFDr.orolfgangthewPvevpFtiexternaldeChecokerationprogramconintoparticular,wProf.YBrittaLouzounEBariUnivz-VyespIsraelervprodvidedinprotegratingductivPevdiscussionsalgorithmasourwTheellCBNaswexpkindlyerimencontalenienresults.proThebasGPSsivsandtancejofofmheyofcolleaTgue,hnologyNektariosChandigarh,Ladas,ThehasalgorithmcontectcalributedortdramaticallyeretovidedtheyqualitBrunakyClausofoftheCentecforhnicalSequenceimplemenBioCentationDTU,ofFinallytheIsoftouldwearethankandcodatabaseeratisystpartnersethemsprodesctrtheiersitbofedforintrothismedissertation.theIofamtol-particularlyandgratefulutilitforinthecs.deepproerofunderstandingMHCoftologydatabaseasoinpcotierationmizationElenawhicanger,hhimheermhasivimvandHahn.Prof.UdoSystemeZusammenfassungvImmungenetische4.InfoonenrmatikvinProgrammderhkallogenenwurImmuntherapievDerten,Bereicemiehhen.Immksicungezieren.netikanalysiert.istarehousingeineiGezubiet,organisieren,dashinraphohemGraftAusma?www.pvheonedendieOrgani-Proteinensations-tundPAnalyse-M?glicgro?enhkPrinzipieneitendedereit:Bioinformatikzwprotierenquank2.ann.MHCInderderPh?matoperwoietiscimmhenwStammzeldieltransDiseaseplsindanztationcspielEigenscenAmdiebfunktionelletigt,Wirkun-ur?hnligenvvquanonMHC-Pgenetiscrakhenorherzusagen,PstatistiscolymorphismenegeneinevbnedeuteDatanedeDieRolle.dieHierStruktur?hnlicf?hrtzwisceineMHCgenetisctenheerenInkualompatibileptidinit?t3.zumsoKrankheitsbilddiederVGraftdievorhersageersussHostist,Disease.eptidzieleAuftderheanderengegenSeiteidensindeidieseersusVorrufen.ariationenwf?rundiehecgew?nscerre-hsiotenhemiscGraftnvhafteneonrinos?ursusnLeuker?cemiahEekteumvStrukterancteitenwonorzutltiicUmh.eptidinInediesertiArbveiwurdenteptidbindungsdatenwherdenWdiedesWirkungenDaten-sololumenscdeherdiePdesolymorphismenWinnerhalbangewundnauct.hresultierendeau?ebietenrhF?higka1.lbhkdestenMahenjoreiHistoProteincompatiblarianit?tszuktiziomplexsund(MHC)qcomput-izieren,ertecMHC-Phniscteraktionenhorherzusagen,analysiert,dieumVielfaltihrezufunktionelledassBeAnzahldeutungMHCvarianorherzusagen.f?rDieeineseptidbindungsvem?glicViorgehenswt,eiseeiterbareundrPfordertf?rdasunVheernetzeneutiscvAnonendungen?enLeuktliczuhentizieren,Gen-,kProtein-,neuvndHostPhervolymorphismen-DatenAllebankanen.endungenDar?bonlineerterhinauseptidecwk.orgerdenudieicphviytationStichwoietisc?Bioinformatik,rte:Stam-Maomplex,jh?matopohenrmzelltransplanHistoviicompatiblit?tsktSummaarirygraftComputationalwimmunogeneticsarianinviiiallogeneicereimymuteraction,notanhtoeraptheyeptideTheofeldresultingimmeunogeneticsvisexpandanpredictionareaunotherapwhicehncanconsideredbyenetogreatlyeptidefromofthethepbos-prosibilitiestifyoeredlaritbwypredictcomputationaldivbiologybforhdataandorganizationeptideandcanalysis.disease.Theaccessiblefunctioanalwww.pconsequenceswofquangeneticsimilar-pproteinolymorphismsts.plaMHyteractions,adatabasesmaanalyzed.jvorproroleofinhadhematopapplied.oieticstemstemthecell1.transplanqualifytation,tructuralandbothereenformsMHCofts,immeptideunotherapmanageyy.nHere,ofgeneticforinceptideompatibilitpyidencanemialeadfortoutthewithoutcompliersuscationofknoprogramswnwasandgraftailablevineer-hecsusacidshosteredisease.toHotifywstructuraleviter,ofsucvhangeneticTvpredictariationsC-pareinalsoprespbindingonsiblewforstatisticallytheBecausebtheenecialolumegraftdatavcessed,ersusprincipalsleukdataemiaarehousingeect.toInethisThewsyork,sthevideeecabilittstoofquanpandolymorphismthinsidesandsimioutsideyofethewma-tjorohistoproteincompatibilitariany2.complexMHC-p(MHinC)3.areMHCanalyzedersitcomputationallytototheprediumctertheirvfunctionaltssignicancewhic.pThisbindingapproacishossible,requires4.thetifynetti-leukwporktargetsiimmnegiofapplicationpubliccausinggene,vprotein,hostandAllptholymorphismsedatabases.areFasurthermore,ebtheolsphareysicovcohemlicalatpropeptidecertiesk.org.ofaminostemKeyw,otationrds:hematopmatrans-jxobioinformatics,roietichistocellcompatibilitplanyixcomple